《魔卡少女樱》讲述了友枝小学四年级学生木之本樱的奇幻冒险故事。一天，她在父亲书房意外打开一本魔法书，解除了库洛牌的封印，还唤醒了守护兽可鲁贝洛斯。库洛牌是魔法师库洛里德创造，如今封印解除，它们开始四处捣乱，小樱因此成为 “库洛魔法使”，在小可的帮助下踏上收集库洛牌的旅程。
在收集过程中，班级转来的香港学生李小狼也加入其中，他作为库洛里德远亲的后代，同样拥有魔法能力，最初与小樱是竞争关系，后来逐渐转为合作。
当所有库洛牌都被收服后，迎来 “最后的审判”，审判者月对小樱进行考验，小樱最终通过测试，成为库洛牌的新主人。此后，友枝町又出现怪事，库洛牌魔力流失，库洛里德的转世柊泽艾力欧的到来引发了一系列事件。在艾力欧的引导和帮助下，小樱成功将库洛牌全部转化为小樱牌，解决了魔力危机，自身魔法力量也得到提升。
木之本樱在父亲书房意外解开了封印库洛牌的魔法书，释放了蕴含强大魔力的库洛牌。在守护者小可的引导下，她成为“库洛魔法使”，开始回收散落的库洛牌。
过程中，她结识了来自香港的李小狼，李梅玲，并逐渐掌握魔法能力，同时发现哥哥桃矢和月城雪兔似乎隐藏着不为人知的秘密。
小樱在商店街抽签喜中香港之旅特等奖，这是她首次海外出行。小可跟着凑热闹，哥哥桃矢代替出差的爸爸担任监护人，好友知世与雪兔也一同前往。抵达香港后，小樱被新奇风景吸引，却发现奇怪小鸟。当晚，她做了个神秘梦境，在水与白布环绕中，见到不可思议的魔导士。这场香港之行似乎暗藏玄机，魔卡捕获者小樱即将面临前所未有的危机。
小樱从香港回去后，继续着校园生活，同时和李小狼一起默契地寻找剩余库洛牌。在这过程中，他们解决了“时”牌让时间循环的问题，还收服了“光”“暗”等强大且神秘的库洛牌。随着对魔法掌控的日益熟练，小樱最终成功收集完所有库洛牌。然而，观月歌帆告知众人，库洛牌的审判即将来临，小樱需要为成为这些卡牌的真正主人做准备。
小樱成功集齐所有库洛牌后，审判者月现身，以严苛考验决定库洛牌新主人归属。李小狼全力以赴参与试炼，却遗憾落败。关键时刻，观月歌帆暗中相助，给了小樱第二次挑战机会。小樱在困境中领悟“爱”的力量，凭借这份感悟与勇气，成功战胜月，自此成为库洛牌真正的主人。
库洛·里多的转世——艾利欧（柊泽艾利欧）登场，他设下种种魔法考验，促使小樱进一步成长。小樱在伙伴们的帮助下，面对更强大的魔法挑战，最终理解艾利欧的真正意图——他希望小樱超越库洛牌的局限，成为更强大的魔法使。故事以小樱彻底掌握小樱牌的力量，并与小狼建立更深的情感联系告终。
自从小狼回到香港已经四个月了。这期间小樱一直模拟着告白，希望下次再见到小狼时，当面告诉他。再次和小狼相见，让小樱非常紧张也在寻找表达心意的机会，但无奈都被阴差阳错的打乱。而这时，小樱发现自己的牌变少了，而牌走失的方向正是游乐园。传说中被封印的最后一张卡片，艰难的战斗，小樱能否胜利？而她是否又能向小狼成功传达心意呢？
小樱集齐了会给世间带来灾难的“库洛牌”，并用魔法的力量将它们变成了自己的牌。樱花盛开的4月，小樱升入了初中1年级。而后，小樱与曾返回香港的小狼重逢，并一起开心地去往学校。某个夜里，收集的牌出现了异常。而友枝町接连发生奇怪的事。小樱在梦中遇见的“钥匙”的指引下，再次开始收集卡片。这时，班里转来一个女孩子……